Mulder e Scully vengono contattati da una donna che denuncia il rapimento del marito, pilota di aerei sperimentali, a opera delle forze militari. Mulder viene diffidato dal seguire il caso da un individuo che si dichiara pronto a svelargli la verità, ma solo alle sue condizioni. Mulder decide di investigare ugualmente, convinto che questo rapimento sia la chiave per svelare un segreto nascosto da 50 anni....