L'episodio si svolge in gran parte in Iran: Arastoo viene rapito da un parlamentare perché indaghi sulla morte del figlio. Cam e Booth lo raggiungono per aiutarlo e, insieme al team del Jeffersonian, scoprono l'assassino. L'allibratore di Booth si presenta a casa e minaccia Bones. Lei si rivolge a Aubrey e caccia Booth di casa.